据台湾“中央社”5月10日报道，台湾地区领导人办公室发言人陈以信10日表示，领导人马英九已命秘书长曾永权10日上午前往拜会台湾“中央研究院院长”翁启惠，转达马英九为维护“中研院”声誉，在审酌各界期待后，已经决定同意翁启惠于3月29日所提的辞呈，曾永权并向翁启惠转交了马英九的信函。

翁启惠3月29日身在美国时曾以书面向台湾地区领导人马英九请辞，不过在其返台后两次与马英九会面说明时，却未提及请辞案，马英九曾多次提示，希望翁启惠以社会观感为念，自动请辞，但翁启惠则一改日前请辞心意，坚持做到新任“院长”确认交接日;马英九今天主动批准翁启惠日前的提出的辞呈。

­马英九在信中也说明，将会留任“中研院”三位“副院长”，维持“中研院”运作至下任“院长”产生及就任为止。他并且指定“中研院副院长”王泛森代理“院长”职务，绝不致因翁启惠辞职造成人事动荡。另外，马英九也表示未退回新任“中研院长”的推荐名单，他将和三位候选人面谈，在了解三人的理念与愿景后，与即将在5月20日上台执政的台湾地区领导人当选人蔡英文商量，共同决定人选，对此，“中研院”方面尚无响应。